1898年冬，戊戌变法失败后，在京城任翰林院编修的蔡元培（孑民）认定清廷政治改良无望，乃弃官回绍，应聘出任绍郡中西学堂总理（校长）。蔡氏视事之初，即规划创立"养新书藏"图书室，手订借书略例15条，并在尚无学制可循的情况下，因材施教，按学生年龄及国学程度分级授课。蔡元培招揽"极一时之选"的教员，力排守旧旧势力的阻挠和干扰，积极推进新式教育：购置科学仪器，改革课程设置，自编教材课本，先后增设日文、体操、测绘、物理化学等课，并率先引进外籍教员。在蔡元培的主持下，绍兴府学堂经革新成为清末国内新式学堂的佼佼者之一。

     1900年秋，蔡元培因不满于守旧派的反对和校董的干涉，愤而辞职。